A francia Eudes János tiszteletes 1641-ben a „Felebaráti szeretet kongregációja” néven női rendet alapított, amelynek fő célja, az erény útjáról letért nők jó útra való visszatérítése volt. Közel 200 évvel később, a XIX. század elején a fent említett kongregációból új kongregáció fejlődött ki, a „Jó Pásztor” kongregáció, amelynek első magyarországi házának alapítója és fenntartója özvegy San Marco hercegnő, született gróf Nagyszentmiklósi Nákó Anna Mileva volt. A hercegnő az elhunyt férje vagyonát jótékony célra fordítva, három holdas telket (a mai intézetünket övező terület) vásárolt 1890-ben Óbudán, hogy arra „Menedékházat” építtessen. A Szőlő utcai főépület már 1891-ben elkészült. A házat és a telken lévő épületek számát, elsősorban a hercegnő 1926. évben bekövetkezett haláláig folyamatosan bővítették. Az 1892. év elején 21 fő, 1900-ban már 132 fő növendék tartózkodott a házban. A telken felépítették a Magdolna Házat, külön ebédlőt, lelkészlakást, a kápolna helyére templomot, 100 fős, „Irgalom Háza” nevű kórházat, stb. építettek. A hercegnő halála után a magyar katolikus vallásalap vállalta a Jó Pásztor Intézet gondviselését, amely 1945-ig viszonylag zavartalanul folytatta a munkát.
A Jó Pásztor Leánynevelő Intézet, intézményünk jogelődje 1892. évben nyílt meg azzal a céllal, hogy „olyan bűnbánó leányokat és nőket fogadjanak be és neveljenek, akik ide vissza akarnak vonulni”. 14 éves kortól bármilyen rangú, állapotú nők nevelését és szociális védelmét ellátták. A házban minden házimunkát a szerzetesnők és a növendékek végeztek. Az intézet az államtól függetlenül működött, de szoros szálak fűzték az Igazságügyi Minisztériumhoz. A II. világháborús ostrom idején erősen megrongálódott több épület. A ház leégett, kifosztották és mindössze 50 növendék elhelyezését tudták vállalni. A Magyar Királyi Igazságügyi Miniszter patronálta és segítette az intézet helyreállítását
A Budapesti Leánynevelő Intézet, a Jó Pásztor Háza Leánynevelő intézetének 1948. december 4. napján történt állami fenntartásba vétele után létesült. Az államosítás után az intézet funkciója megváltozott. 1892-től az államosításig a növendékek itt tartózkodási ideje négy-öt év volt, mert „csak ez alatt az idő alatt lehet a növendékek elemi iskolai hiányát pótolni, és ennyi idő kell az utánpótlás nevelésére” (Miniszteri beszámoló, 1940.). Az államosítás előtt a növendékek nagyobb része önállóan kért bebocsátást vagy szülők hozták. 1948-tól az Igazságügyi Minisztérium Budapesti Leánynevelő Intézete a fiatalkorúak bíróságai által javító-nevelésre utalt fiatalkorú lányok befogadására szolgált, így a növendékek egy-két évet töltöttek az intézetben, de volt, aki csak átmenetileg tartózkodott itt, a határozata meghozataláig. Az intézet a zárdától elkülönítve 94 növendékkel és 6 alkalmazottal kezdte meg működését. Az új koncepciónak megfelelően, szakképzettséggel és gyakorlattal rendelkező nevelőket hoztak a testvérintézményekből, Aszódról és Rákospalotáról. 1950 nyaráig, az apácarend megszüntetéséig a Jó Pásztor Ház nővérei együtt dolgoztak a nevelőtestülettel.
Időközben a bíróságok kisebb arányban utaltak be állandó intézeti tartózkodásra fiatalkorúakat, így túlsúlyba kerültek az átmenetileg intézetben tartózkodó fiatalkorúak száma, ezért az intézet elnevezése: Budapesti Átmeneti Leánynevelő Intézetre változott.
Fiatalkorúak Állami Átmeneti Nevelőintézete lettünk 1951 decemberében, amikor elrendelték, hogy az addig a XII. kerületben működött Budapesti Átmeneti Fiúnevelő Intézet költözzön át a Szőlő utca 60. szám alatt működő Leánynevelő Intézet épületébe. A két átmeneti nevelőintézet egyesítésével egyidejűleg, az előzetes letartóztatás végrehajtásával bővült a tevékenységünk. „Intézetünk az ország fiatalkorúak bíróságai által javítónevelésre utalt, valamint a Fiatalkorúak gyűjtő-, megfigyelő-, szűrő-, és elosztó állomása lett” (Beszámolójelentés 1952. január.). A koedukált időszakban a leánynövendékeket a Zápor utcai frontra költöztették át – az egykori Magdolna Házba – a fiúnövendékek pedig a főépületben, a Szőlő utcai fronton kaptak helyet.
Budapest Fővárosi Tanács V.B. Budapesti Átmeneti Nevelőintézet néven működtünk 1953-1958. év között. Ebben az időszakban rohamosan megnőtt az „elhagyatott”, bűncselekményt elkövető 12 éven aluli gyermekek száma. Az időszakban előfordult, hogy tizenkét éves kortól utalták a gyermekeket zárt intézetbe.
1958-1965. közötti időszakban az intézet neve nem változott, de az intézet a Művelődésügyi Minisztérium irányítása alá került. A tevékenységi körébe továbbra is a koedukált javítóintézeti nevelés és az előzetes letartóztatás végrehajtása tartozott. Az intézet növendékeinek pszichológiai vizsgálatát 1958. januártól Popper Péter pszichológus, főiskolai tanár és Mika Sándorné pszichológus végezte.
Művelődésügyi Minisztérium 1. sz. Nevelőintézete nevet az intézet 1965-1974. év között viselte. Az intézet továbbra is koedukált volt, de jogszabályi változást követően 1965. januártól már nem fogadott új előzetesen letartóztatott fiatalkorúakat, majd ez a végrehajtási profil 1969. évben teljesen megszűnt. A hetvenes években alakult meg az első pszichológiai- és egészségügyi vizsgáló csoport. 1972-ben különválasztották a nehezen kezelhető növendékeket a súlyos bűncselekményesektől – javító-nevelésre ítéltektől – és elkülönítették a befogadós növendékeket. Beindították az elkülönítő helyiséget is azok részére, akik „kirívóan” rendellenes magatartást tanúsítottak.(szökés, öngyilkossági kísérlet, verekedés…) A Szőlő utcai front olyan rossz állapotban volt, hogy szükségessé vált az egész épület lebontása és újbóli felépítése, mely 120 fő részére nyújtott megfelelő otthont és nevelésükhöz szükséges foglalkoztató helyiségeket. Elvégezték a Zápor utcai fronton lévő leányrészleg épületének belső átalakítását is. A leányrészleg 1975. decemberig működött.
Oktatási Minisztérium 1. sz. Fiúnevelő Intézete névvel működött az intézet 1974. évtől, amikortól az intézetet véglegesen kijelölték „gyógyító-nevelés végrehajtására”. Változott az intézet profilja, csökkent a létszám így a változásokat figyelembe véve kötöttek munkaszerződést vállalatokkal, pl.: Fővárosi Épületasztalos Ipari Vállalat; Kossuth Nyomda; Elzett Film Ceruzagyár stb. „Fél-szabad” csoportokat szerveztek, amelynek tagjai intézeti keretek között éltek ugyan, de munkaszervezésük kapcsán kiléphettek a mindennapi életbe, nevelők vezetésével munkaidejüket üzemekben tölthették. A profilváltás után „90%-ban súlyos értelmi fogyatékos növendékeket utaltak be az intézetbe. A maradék 10% téves bírói döntés alapján került be” (Igazgató beszámoló, 1976.). A növendékek 14-18 év közötti életkorúak voltak. Az 1979. év júliusától intézetünkben Állandó Áthelyező Bizottságot létesítettek. A bizottság feladata volt a javítóintézeti nevelésre utalt fiatalkorú fiúk részére meghatározni a javítóintézeti nevelés végrehajtására szolgáló intézetet. Az értelmi fogyatékos növendékek maradtak intézetünkben, míg a nem értelmi fogyatékos növendékeket az M.M. 1. számú Fiúnevelő Intézetébe helyezték át, Aszódra.
A „D” épület teljes külső és belső átalakítását követő átadására 1982-ben került sor. Itt kapott helyet az oktató-testület tanári szobával és négy nagy tanteremmel, valamint két munkafoglalkoztató teremmel. Az emeletre került a kultúrterem, a könyvtár és a vendégszobák, a pszichológusi szobák. 1988-ban sor került a tornaterem, majd az öltöző és a fürdőhelyiségek felújítására is.
Intézetünket 1988. április és 1990. augusztus vége között Szociális és Egészségügyi Minisztérium 1. sz. Fiúnevelő Intézetének nevezték át. Ennek az időszaknak az újdonsága a nevelőtestület javaslatára létrehozott szigorított nevelési csoport volt, ahol a problémás növendékek létszáma maximum nyolc fő lehetett és a fiatalt négy hét időtartamra lehetett a csoportba helyezni. A növendékek lényegesen alacsonyabb neveltségi szintűek, iskolai képzettségük és általános tájékozottságuk elmaradottabb, igényszintjük minden területen alacsonyabb volt. Ennek pozitív irányú elmozdulására tett kísérletet az intézet oktatási részlege. Az értelmi fogyatékos növendékek elhelyezését biztosító intézetekben, a következő oktatási formákat lehetett bevezetni: kisegítő iskola; dolgozók általános iskolája; foglalkoztató iskolai osztály. Az intézetben minden növendéket iskolai oktatásban részesítettek, függetlenül attól, hogy tanköteles volt vagy sem. Ennek elsődleges oka az volt, hogy a növendékek tudása, képességei messze elmaradtak a bizonyítványban jelzett szinttől.
A minisztériumok számának, feladatkörének és névváltozásainak következtében a rendszerváltást követően intézetünk neve több alkalommal változott:
1990-1992: Népjóléti Minisztérium 1. számú Fiúnevelő Intézete
1992-1999: Szociális és Családügyi Minisztérium 1. számú Fiúnevelő Intézete
1999-től 2010-ig az intézet viselte a Szociális és Családügyi Minisztérium Budapesti Javítóintézete; az Ifjúsági, Családügyi, Szociális és Esélyegyenlőségi Minisztérium Budapesti Javítóintézete; a Szociális és Munkaügyi Minisztérium Budapesti Javítóintézete nevet;
május 29-től a nevünk: Nemzeti Erőforrás Minisztérium Budapesti Javítóintézete,
május 14-től a nevünk Emberi Erőforrások Minisztériuma Budapesti Javítóintézete
A ’90-es évek legnagyobb változását az hozta, hogy az 1995. évben elkészült büntető törvénycsomag rendelkezése értelmében, 1996. május 1-től a fiatalkorúak előzetes letartóztatását már nem csak büntetés-végrehajtási intézetben, hanem javítóintézetben is végre lehet hajtani. A cél az volt, hogy a börtönökből, az ottani passzivitásból a felnőtt korú bűnelkövetők közül, mint súlyos pszichés, nem egyszer fizikális károsodást okozó környezettől, fejlesztő körülmények közé helyeződjenek a fiatalok, esélyt adva ezzel a személyiség problémájuk szakszerű korrekciójához, megóvva őket a kriminalizálódás további veszélyeitől. A korábbi profilunknak megfelelően intézetünkbe befogadott javítóintézeti nevelésre ítélt fiatalkorú fiúk az Aszódi Javítóintézetbe kerültek átszállításra, a Budapesti Javítóintézet pedig a jelzett időponttól, tiszta profillal fogadja a fiatalkorúakat az előzetes letartóztatásuk javítóintézetben történő végrehajtására. A javítóintézeti nevelés és az előzetes letartóztatás javítóintézeti végrehajtásának egységes szabályozására megszületett a 30/1997. (X.11.) NM rendelet a javítóintézetek rendtartásáról.
Igazgatási szempontból lényeges megemlíteni, hogy 2013. 01. 01-től az alapító és irányító szervünk az Emberi Erőforrások Minisztériuma, középirányító és fenntartó szervünk pedig az ekkor létrehozott Szociális és Gyermekvédelmi Főigazgatóság lett. Intézetünk önállóan működő költségvetési szerv, a pénzügyi-gazdasági feladatokat 2012. évtől az Emberi Erőforrások Minisztériuma Gyermekvédelmi Szolgáltató Központ, Esztergomi Gyermekotthon, Általános Iskola és Szakiskola pénzügyi-gazdasági szervezete látja el.